목포의 첫 불교사원인 동본원사 목포별원으로, 정식명칭은 진종 대곡파 동본원사이다. 일본의 대표적인 불교종파인 진종(眞宗) 본원사(本願寺)는 사람을 죽인 惡人조차도 구원해 준다고 믿는다. 본원사는 일본 도쿠가와막부시대에 동서로 분리되어 두 개의 본원사로 나뉘었는데, 1873년 동본원사(東本願寺)는 대곡파(大谷派)라고 지칭되었고, 서본원사는 본원사파(진종 본파)로 불리게 되었다. 동본원사 목포별원은 1898년 4월 목포의 첫 불교사원으로 세워져 목포심상고등학교 설립인가를 받기도 했다. 이때 영사관(구 목포시립도서관) 서쪽에 임시사원을 건립하였다.  소학교는 1902년에 거류민회에 운영권을 넘겨줬다. 1904년 현재의 부지를 매수하여 1905년 11월경에 목조 단층 사원으로 세워졌다. 1907년에 목포별원으로 승격하였다. 현재의 석조건물은 1930년대 후반에 지어진 장방형의 단층 건물로 전형적인 일본식 건축양식을 띄고 있다. 해방이후 정광사의 관리를 받다가 목포중앙교회에서 1957년부터 사용한 건물로, 절이 교회가 된 이색적인 약력을 지니고 있다.